Fakultas Ekonomi berdiri tahun 1986 berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor : 0395/O/1986 tanggal 23 Mei 1986 tentang Penetapan Kembali Penyesuaian Jalur, Jenjang dan Program Pendidikan serta Nama Unit/Fakultas/Jurusan/Program Studi dengan Status Terdaftar pada Perguruan Tinggi Swasta di lingkungan Koordinasi Perguruan Tinggi Swasta Wilayah XI dengan dua jurusan yaitu :

- Jurusan Manajemen :

   • Program Studi Manajemen Keuangan

   • Program Studi Manajemen Perusahaan

- Jurusan Akuntansi

   • Program Studi Akuntansi

Ijin penyelenggaraan ini diperpanjang dengan Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Nomor : 247/DIKTI/Kep tanggal 1 Mei 1993 tentang Penetapan kembali Status Terdaftar kepada Jurusan/Program Studi pada Fakultas-Fakultas untuk Jenjang Program D-III dan S1 di Lingkungan Kopertis Wilayah XI di Banjarmasin. Pada tahun 1999, berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Repubik Indonesia Nomor : 110/DIKTI/Kep/1999 tanggal 30 Maret 1999 tentang Penataan Program Studi Jenjang Pendidikan Program Sarjana (S1) yang berstatus Terdaftar pada Perguruan Tinggi Swasta di Lingkungan Kopertis Wilayah XI, maka Fakultas Ekonomi yang memiliki 2 (dua) jurusan dan 3 (tiga) Program Studi diubah menjadi 2 (dua) program studi yaitu : (1). Manajemen dengan serta (2). Akuntansi. Ijin penyelenggaraan ini telah diperpanjang berdasarkan Surat Koordinator Kopertis Wilayah XI Kalimantan Nomor : 1899/D/T/K-XI/2009 tanggal 20 April 2009 tentang Perpanjangan Ulang Ijin Penyelenggaraan Program Studi Manajemen, Nomor : 1900/D/T/K-XI/2009 tanggal 20 April 2009 tentang Perpanjangan Ulang Ijin Penyelenggaraan Program Studi Akuntansi. Tahun Universitas Widya Gama Mahakam Samarinda yang berlaku selama 4 (empat) tahun. Tahun 2008, fakultas membuka Program Studi Keuangan dan Perbankan Syari’ah (D-IV) sesuai dengan surat Dirjen Dikti Nomor : 2085/D/T/2008 tanggal 7 Juli 2008. Maka sampai tahun ini Fakultas Ekonomi Universitas Widya Gama Mahakam Samarinda menyelenggarakan 3 (tiga) Program Studi yaitu : Akuntansi, Manajemen, dan Keuangan Perbankan Syari’ah.